《剑侠情缘贰》的故事发生在南宋时期金国第二次大举南侵的三年以后。故事承接一代，南宋大将军、“飞剑客”张风之子张如梦与金国国师、“天剑客”南宫灭之女南宫彩虹由仇敌成为爱侣(见《剑侠情缘》剑门关一段)，二人远走漠外，不问世事，一晃二十年。其子南宫飞云已经长大成人，年满16岁，文才武功都有了几分火候。为了儿子的前途，夫妇二人决定让儿子离开大漠，去寻找姑父独孤剑(仙剑客独孤云之子)、姑母张琳心，希望在姑父姑母的教导下逐渐融入社会。