《狼伴侣》的故事发生在一所看似普通的高中里。玩家所扮演的主角，因一次偶然的机会，在放学后留在学校整理社团资料，却没想到陷入了一场诡异的困境。当教学楼的钟声第三次响起时，整个校园突然陷入黑暗，所有出口都被莫名封锁。更令人恐惧的是，平时温柔安静的同班同学——有着银色长发的少女“凛”，此刻眼神变得锐利，行为举止如同狼一般敏捷且充满攻击性，开始在校园里追逐主角。随着主角的躲避与探索，逐渐发现这所学校隐藏着一段关于“狼族传承”的秘密，而凛的异常，正是这段秘密的关键，主角必须在躲避追击的同时，揭开真相，找到逃离校园的方法。