《游戏王! - 决战怪兽 Ex 2006》游戏中的卡片数量达到了2000枚以上，可以说对不同属性 爱好者都会组出心仪的牌组来，可以使自己的牌组在游戏中重现，这次在战略性上可以一长游戏王爱好者的身手了。游戏还追加了一些挑战模式，有许多不同的挑战模式，其实就是限制玩家使用一些卡片，使玩家陷入不利的局面，至于玩家如何在不利的局势下取得胜利，那就考验玩家的能力了。