《闪乱神乐：少女们的选择》的故事发生在“神乐千年祭”时期，游戏中的世界有着忍者学院等不同势力。在这个特殊时期，忍者学院遭遇危机，而玩家需要率领妹子们与敌对的蛇学院等势力展开对战，众多性格各异、技能独特的女忍者们在这个充满奇幻色彩的世界中，为了各自的信念与目标展开激烈角逐。