猫和老鼠传奇GBA版的故事情节围绕着一对常见的家猫汤姆和老鼠杰瑞而展开，汤姆有一种强烈的欲望，总是不断努力的去捉同居一室的老鼠杰利，并不断地努力驱赶着这位讨厌的房客。尽管总是失败，但汤姆在追逐中得到的乐趣远远超过了捉住杰瑞。同时，汤姆在片中经常使用斧头、锤子、炸药、鞭炮等暴力工具或陷阱来对付杰瑞。但杰瑞非常机灵，时而使汤姆的诡计适得其反，让汤姆自食其果。在这部动画中，没有动物世界中恃强凌弱的残酷，只有两个邻居之间的日常琐事和纷争。